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医療費控除はどこまでさかのぼって申告できる?スマホ・マイナンバーカード対応のやり方など解説

公開日:2025/03/31最終更新日:2025/03/31

「医療費控除の申請を忘れてしまった場合、後から申請はできるのかな?」「医療費控除の申請期限はいつまでだろう?」


医療費控除の制度について最近知った方の中には過去にさかのぼって申請できるのか、また申請期限がいつまでなのかを気にしている方も少なくないでしょう。


そこでこの記事では医療費控除が過去どれくらいさかのぼって申請できるか・申請期限について・対象となる医療費の条件や申請時の注意点を分かりやすく解説します。


この記事を読めば、医療費控除の申請をスムーズに行うことができるようになるでしょう。

目次

1.医療費控除とは

医療費控除とは1年間に支払った医療費が一定の基準額を超えた場合に、税務署に確定申告を行うことによってその超過分の医療費が課税対象となる所得から差し引かれて結果として税金の一部が還付される仕組みです。


この控除は、家族分も含めて適用されます。

2.医療費控除の申請期限は基本的に翌年の2月16日から3月15日まで

医療費控除の申請期限は、確定申告と同様に基本的に翌年の「3月15日」までとなっています。

確定申告で医療費控除は最大5年前までさかのぼって申告可能

上記の期間を過ぎても過去5年以内であれば申告が可能です。具体的には、医療費を支払った翌年の1月1日から5年間が申告の期限となります。


例えば2025年に支払った医療費に対する医療費控除の申請は、2026年1月1日から2030年12月31日まで行うことができます。申告期間のカウント方法を誤らないようにしましょう。


なお、12月31日は医療費控除による還付金の消滅時効が成立する日となります。したがって5年後の12月31日を過ぎてしまうと、それ以降は申請できなくなります。


過去の医療費を申請する際は、この点に注意が必要です。

医療費控除を5年前までさかのぼる場合、領収書は必要?

結論として2025年から過去5年間に遡って医療費控除を申告する場合、領収書は必要ありません。2017年分の確定申告から医療費控除を受けるためには「医療費控除の明細書」が必要となり、それに伴い申告時に領収書を添付する必要がなくなりました。


ただし税務署が医療費控除の明細書の内容を確認するために、領収書の提示や提出を求めることがあります。そのため確定申告期限から5年間は領収書を捨てずに保管しておくことをおすすめします。


明細書を提出すると領収書の保管を忘れがちなので、この点に注意しておくことが重要です。

3.医療費控除の申告はどれくらいの金額からできるか

医療費控除は、誰でも受けられるわけではありません。「年間の医療費が10万円以上」または「医療費が総所得金額の5%以上」に該当する場合に、控除を受けることができます。

1年間の医療費が10万円以上の場合

医療費控除は基本的に「自己」または「同一生計で暮らしている配偶者や家族」の医療費を合算し、その合計が「年間10万円以上」になる場合に適用されます。


必ずしも同居していなければならないわけではありません。勤務や学業などで別々に暮らしていても生活費を共にしているなど生計を一にしていれば、医療費を合算して10万円を超えていれば医療費控除を受けることができます。

1年間の医療費が総所得金額の5%以上の場合(総所得金額が200万円未満の場合)

そしてその年の総所得金額が「200万円未満」の場合には総所得金額の「5%以上」に相当する医療費を支払っていれば、医療費控除を受けることができます。


例えば総所得金額が150万円の場合で年間9万円の医療費を支払っていれば、医療費控除を受けることができます。

4.医療費控除は過去5年分まとめて申告できるのか

その年の確定申告期限を過ぎた場合でも、最大5年間さかのぼって医療費控除を申告することができます。ただし各年の医療費を個別に申告する必要があります。

過去5年分はまとめて申告することができる

医療費控除の還付申告を行う際には過去5年分を一度にまとめて申告することはできますが、医療費控除の対象となる医療費は「1年ごと」に分けて申告する必要があります。


例えば2018年と2019年に支払った医療費を2022年に申告する場合、それぞれの年ごとの医療費と所得額に基づき2回に分けて申告を行うことになります。

【注意】5年分の医療費を一緒に合算して申告することはできない

医療費控除は過去5年間に遡って申告できますが、5年間分の医療費をまとめて申告することはできません。


つまり「5年間の医療費の合計」ではなく、あくまでも「各年の1月1日から12月31日までの1年間に支払った医療費の合計」が基準となります。

5.確定申告で申請できる医療費控除の対象費用

医療費として支払った全ての費用が医療費控除の対象になるわけではなく、控除の対象となるのは主に以下の費用です。

治療にかかった費用

病院での治療費・診療費・入院費は全て医療費控除の対象になりますが、健康診断の費用や医師への謝礼金などは対象にはなりません。以下のような費用が医療費控除の対象となります。

  • 通院にかかる交通費

  • 医師などの送迎費用

  • 医療用器具の購入費やレンタル料

  • 治療に必要な義手・義足・松葉杖・補聴器・義歯・眼鏡などの購入費用

  • おむつ代(医師が必要と認めた場合)

さらに以下のような専門家に施術を受ける場合も、治療目的であれば医療費控除の対象となります(疲労回復や体調改善目的を除く)。

  • あん摩マッサージ指圧師

  • はり師

  • きゅう師

  • 柔道整復師

これらも併せて覚えておくと良いでしょう。

薬の購入費

治療にかかる薬代も医療費控除の対象となりますが、ビタミン剤など以下の目的で購入した薬剤費は対象外となるため注意が必要です。

  • 病気の予防

  • 健康増進

なお処方箋なしで薬局やドラッグストアで購入可能なOTC医薬品(特定一般用医薬品など)は、セルフメディケーション税制の対象となります。


セルフメディケーション税制は医療費控除の特例で、OTC医薬品を年間12,000円以上購入した場合に適用されます。12,000円を超える部分(最大88,000円まで)が医療費控除と同様に所得控除の対象となります。


セルフメディケーション税制を利用するには、以下のような健康管理や病気予防活動を実施していることが条件です。

  • 健康保険組合などによる健康診査

  • 予防接種

  • 会社で実施される健康診断

  • 特定健康診査

  • 特定保健指導

  • 市区町村が実施するがん検診

なお、セルフメディケーション税制は一般的な医療費控除と併用することはできません。どちらか一方を選択して利用することになりますので、選択に注意しましょう。

看護師などの療養にかかる費用

以下の職業の人々に対して支払った療養費も、医療費控除の対象となります。

  • 保健師

  • 看護師

  • 准看護師

  • 特に依頼した人

「特に依頼した人」とは、例えば家政婦に付き添いを依頼した場合などを指します。しかし家族や親族に付き添いを依頼した場合、その費用は医療費控除の対象にはなりませんので注意が必要です。


また療養費とは別に、お礼として支払ったお金も医療費控除の対象外です。このような費用を申告しても医療費控除の還付を受けることはできませんので、覚えておいてください。

出産に伴う費用

出産に関連して発生する以下の費用も、医療費控除の対象となります。

  • 妊娠が確認された後に受ける定期的な検診や検査・入院・通院にかかる費用

  • 入院中の食事代

  • 通院にかかる交通費(バスや電車などの公共交通機関が原則として対象ですが、これらが利用困難な場合にはタクシー代も対象になります)。

電車やバスには領収書がないため家計簿などに利用記録をつけて、後で説明できるようにしておくことが重要です。一方で、以下の費用は医療費控除の対象外となりますので注意してください。

  • 里帰り出産のための帰省にかかる交通費

  • 入院時に購入した洗面具などの生活用品

  • 入院中の出前や外食にかかる費用

医療費控除の対象となるのは、基本的にやむを得ず発生した費用に限られることを覚えておきましょう。

介護にかかる費用

介護にかかる費用の一部は、医療費控除の対象となる場合があります。要介護者や要支援者向けに提供されるサービスのうち、自宅での生活を支援する居宅介護サービスには主に以下のものがあります。

  • 医療系サービス(看護師や保健師などが提供)

  • 福祉系サービス(介護福祉士などによる)

これらのサービスの中で看護や医学的管理のもとで行われる療養に関する世話などの自己負担部分は、医療費控除の対象となります。対象となる金額は領収書に記載されているため、確認しておくことが大切です。


さらに以下の施設に通うための費用やリハビリテーション、通所介護にかかる費用も医療費控除の対象となります。

  • 介護老人保健施設

  • 介護医療院

  • 指定介護療養型医療施設

  • 指定介護老人福祉施設

  • 指定地域密着型介護老人福祉施設


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6.医療費控除申請の手続き方法

医療費控除を受けるためには、確定申告を行う必要があります。この章では確定申告で医療費控除を受けるために、どのような手続きを行うべきかを詳しく説明します。


確定申告から口座に還付金が振り込まれるまでの流れは以下の通りです。順を追ってご説明します。

確定申告に必要な書類を用意する

医療費控除を申請するために確定申告で必要な書類は以下の通りです。

  • 確定申告書

  • 医療費控除の明細書

  • マイナンバーカード(持っていない場合は通知カードと本人確認書類)

  • 医療費の領収書(必ず保管しておきましょう)

なお、医療費のお知らせ(健康保険組合や共済組合から発行されるもの)があると便利です。


確定申告書の原本は国税局のWebサイトから印刷するか、税務署や自治体の役所で入手できます。パソコンで作成する場合は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」をご利用ください。

確定申告書と医療費控除の明細書を記入する

必要な書類が整ったら、次に確定申告書と医療費控除の明細書を作成します。基本的には、確定申告を進める中で医療費控除の入力も行います。


確定申告を行う際には、年間の収入や支出の記録が必要です。確定申告書には、給与や副収入などの所得を記入します。給与所得については、会社から受け取った源泉徴収票を参考にするとよいでしょう。


医療費控除の明細書は、国税庁のWebサイトからダウンロードできます。また健康保険組合などから発行された「医療費のお知らせ」がある場合は、それを添付することで明細書の記入を省略することが可能です。


医療費控除を申請するためには年間の医療費を計算する必要がありますが、手動で計算するのは手間がかかります。そのため、国税庁が提供している「医療費集計フォーム」を利用するのが便利です。


このエクセル形式のファイルに金額を入力すると、自動的に集計してくれるため非常に助かります。エクセルに入力する際には以下の項目を入力する必要がありますので、日々のレシートやメモを記録しておくことをおすすめします。

  • 病院名や薬局名(交通費もこちらに入力)

  • 医療費の金額

  • 診察や購入の年月日

すべての項目を入力した後「明細書作成」ボタンをクリックすると、自動で医療費控除の明細書が作成されます。

書類が揃ったら税務署へ提出する

確定申告書の提出方法は3つの方法があります。

  • 所轄の税務署に直接持参する

  • 所轄の税務署に郵送する

  • 国税庁のWebサイトで作成した確定申告書をe-Tax(インターネット)で送信する

なお確定申告で使用した領収書や関連書類は5年間の保管義務がありますので、捨てずに必ず保管しておきましょう。紙で記入した申告書の場合は、税務署に持参するか郵送を利用することができます。


e-Taxを利用する方法については後ほど詳細を解説します。

口座に入金されることを確認する

口座振り込みに関するお知らせのハガキが届きますので、内容に誤りがないか確認するようにしましょう。還付金の振込は、確定申告後1か月から1か月半ほどかかることを見込んでおいてください。


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7.スマホで確定申告を行うために必要なもの

この章ではスマホからe-Taxを利用して確定申告を行うために必要なものについて解説します。スマホで完結させるためには、マイナンバーカードを持っているとよりスムーズに進められます。

  • スマホ

  • マイナンバーカード

  • 源泉徴収票(該当する人のみ)

  • 領収書や各種控除証明書(該当する人のみ)

それぞれの必要なものについて、順番に説明します。

スマートフォン

確定申告の申告書作成から提出までを行うには、AndroidやiPhoneのスマホが必要です。タブレット端末、例えばiPadでも対応可能です。


e-Taxで確定申告を提出する方法には、「ID・パスワード方式」と「マイナンバーカード方式」の2種類があります。マイナンバーカード方式を利用する場合、ICカードリーダー機能を備えたスマートフォンが必要になります。

マイナンバーカード

マイナンバーカード方式を利用するには、マイナンバーカードが必要です。


もしマイナンバーカードを持っていない場合は、「ID・パスワード方式」を選んで確定申告を行うことができます。この方式でも申告書にマイナンバーの記入が求められるため、マイナンバーカードや通知カードなどを準備しておく必要があります。

源泉徴収票

サラリーマンの方は、会社からもらった源泉徴収票を準備しておきましょう。確定申告書に源泉徴収票を添付する必要はなくなりましたが、スマホで撮影して取り込む際や金額を確認する際に役立ちます。

領収書や控除証明書

控除を受けるために必要な領収書や控除証明書を準備します。医療費の領収書は確定申告書に添付する義務はありませんが、「医療費控除の明細書」を作成する際に必要となります。


なお「確定申告書等作成コーナー」とマイナポータルは連携が可能です。生命保険料控除などの控除を確定申告で受ける場合マイナポータルとの連携により、控除証明書のデータが確定申告書に自動で入力されることもあります。

8.スマホで確定申告を行う方法は2種類

確定申告書を作成する際には主に「確定申告ソフト(アプリ)を使って作成する」か「確定申告書等作成コーナー」で作成する、の2つの方法から選ぶことができます。


確定申告書の作成も提出も、どちらもスマホで行うことが可能です。


スマホでの確定申告は、思ったほど難しくありません。特に副業や控除の申告など申告内容がそれほど複雑でない場合、スマホでの申告はかなり簡単です。


この2つの方法について、詳しく説明していきます。

確定申告対応の会計ソフト

確定申告書を作成するために、会計ソフトの専門企業が提供している「確定申告アプリ」を利用することができます。アプリに必要な情報を入力するだけで申告データを自動的に作成してくれるため、自分で金額を計算する手間がほとんどありません。


確定申告アプリの利点は直感的に操作しやすいインターフェースや、銀行やクレジットカードとの連携による便利な仕訳作業が可能な点です。


一方でデメリットとしては、決算書作成などの高度な機能が一部有料で提供されている場合があることです。

国税庁の確定申告書等作成コーナー

確定申告書等作成コーナーは、政府が提供する公式なシステムです。このシステムの大きな利点は、スマートフォンからでも無料で利用できる点です。


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9.スマホで医療費控除の確定申告を行うための準備

e-Taxを利用するためには、以下の準備が必要です。

  • マイナンバーカードを取得する

  • マイナポータルへの利用者登録とe-Taxとの連携を設定する

  • 確定申告に必要な書類を整える

マイナンバーカードを取得する

マイナンバーカードの申請方法はオンライン・郵送・まちなかの証明写真機を利用する方法があります。交付通知書が届くまでに約1ヶ月かかるため、マイナンバーカードをまだ持っていない方は早めに申請を行うようにしましょう。

マイナポータルに登録し、e-Taxと連携させる

マイナポータルは、オンラインで行政手続きを行うための窓口です。e-Taxとマイナポータルを連携させることで所得金額や各種控除など、自身の情報を行政機関から取得して反映させることができます。マイナポータルの利用者登録方法は以下の通りです。

  • マイナポータルアプリをダウンロード

  • マイナンバーカードを認証

  • ログイン後、利用者情報を登録

  • 確認コードを入力

  • 登録完了

またマイナポータルの「代理人設定」を行うと、家族の医療費通知情報も取得可能です。e-Taxにログインする際にもマイナンバーカードの読み取りが必要なので、事前に準備しておきましょう。

確定申告に必要な書類を揃える

医療費控除をスマホで確定申告するには、確定申告書を作成する必要があります。その際に必要となる主な書類は以下の通りです。

  • マイナンバーカード(またはマイナンバーが確認できる書類)

  • 所得証明書(例:源泉徴収票)

  • 各種控除に関する証明書

  • 還付金を受け取るための口座情報

  • 医療費の明細書

マイナポータルと連携すれば、基本的に所得金額や各種控除に関するデータは自動で反映されます。しかし入力内容が正確であることを確認するために、手元に源泉徴収票や各種控除証明書を用意しておくことをおすすめします。


またマイナポータル連携を利用すると、「医療費通知情報」が自動で添付されるため医療費の領収書を別途保管する必要はありません。

10.医療費控除をマイナンバーカードを利用してスマホでさかのぼって申告するやり方

事前準備が整ったら、申告手続きを進めましょう。今回は国税庁の確定申告書等作成コーナーを利用して、申告する手順を紹介します。スマホで医療費控除の確定申告手順は以下の通りです。

  1. 「確定申告書等作成コーナー」から申告書作成を開始する

  2. 収入や所得金額を入力する

  3. 「控除等入力」画面で医療費控除の入力および確認を行う

  4. 計算結果を確認し、還付金の受取方法を選ぶ

  5. 基本情報の確認・入力を行う

  6. 申告内容を最終確認し、送信する

確定申告書作成コーナーで申告書の作成を開始する

確定申告書作成コーナーをタップすると確定申告書作成の手順を説明する「作成のステップについて」が表示されるので、それを確認して「次へ」をタップします。その後、「作成する申告書等と提出方法の選択」の画面が表示されます。

作成する申告書の種類を選ぶ

会社員が医療費控除の確定申告を行う場合は、「所得税」を選択します。個人事業主などで確定申告義務があり決算書を作成する必要がある場合は、「決算書・収支内訳書(+所得税)」を選びましょう。

提出方法などの選択

マイナンバーカードと、それを読み取ることができるスマホを確認しましょう。もしマイナンバー方式以外の提出方法(書面またはID・パスワード方式)を選びたい場合は、「提出方法を変更する方はこちら」をタップして変更が可能です。


「確定申告書等作成コーナー」での「提出方法等に関する選択」画面では、マイナポータルとの連携を選択するかどうかも決めます。連携をしなくても確定申告書は作成できますがマイナポータルとの連携を利用することで、医療費情報を自動で取得できます。


それではマイナポータルとの連携手順について解説します。

マイナポータルを連携し、医療費情報を取得する

マイナポータル連携を選択し「次へ」をタップすると、マイナポータルアプリのインストールが必要になります。


確定申告書等作成コーナーの「マイナポータルとの連携」画面が表示されますのでマイナポータルアプリをインストールし「同意して次へ」をタップ、その後「次へ」をタップするとマイナポータルアプリに移動します。


次に、マイナポータルアプリを利用してマイナンバーカードでログインします。認証が完了すると画面が表示されるので「次へ」をタップし、確定申告書等作成コーナーに戻ります。


その後、e-Taxの登録状況の確認を行います。


過去にe-Taxを使用したことがある場合、氏名や住所などの情報が自動的に反映されます。変更があればこの時点で修正が可能です。次に、マイナポータル連携で取得したいデータを選択します。もし家族分のデータも取得する場合は、マイナポータルでの代理人設定が必要ですのでご注意ください。


「次へ」をタップするとマイナポータルとの連携に同意する画面が表示されるので、「同意」をタップしその後の案内に従って進んでいきます。


国税庁のマイナポータル等連携プラットフォームに移動し、「控除証明書等の取得」ページから「医療費通知情報」を選択します。留意事項を確認し、チェックを入れたら「次へ」をタップします。


その後確定申告書等作成コーナーに戻り、取得した情報の一覧が表示されます。不要なデータがあれば「×」で削除できます。問題がなければ「次へ」をタップします。


次に、xmlデータの読み込み画面が表示されます。医療費通知の電子データを持っている場合はここでファイルを選んでデータを読み込みます。もし電子データがない場合は、「次へ」をそのままタップして進んでください。

本人情報を確認し、申告する所得を選択する

次に納税者本人の生年月日が正しいか確認します。申告するすべての所得項目にチェックを入れます。例えば、サラリーマンの場合は「給与」と「公的年金、企業年金など」の両方にチェックを入れます。


確定申告書等作成コーナーの「本人情報の確認と申告する所得の選択」画面では、ページの下部に「申告する所得に関する質問」が表示されます。


この質問は前のステップで選択した所得に基づいて異なるので、質問内容に従って回答してください。

収入・所得金額を入力する

上記で選んだ所得ごとに、金額を入力していきます。会社員やアルバイト・パートなどの給与所得者で源泉徴収票を持っている方は、カメラでその内容を読み取ることもできます。


ガイドに従って進み、入力が完了したら「次へ」をタップします。ページの一番下に「ここまでの入力内容を保存する」ボタンがありますので、保存しておくと安心です。

 「控除の入力」画面で医療費控除の入力と確認を行う

次に、各種控除の入力を行います。スクロールすると「一定額を超える医療費などを支払った方」という項目が表示され、連携してればマイナポータルから取得したデータが反映されていますので内容に間違いがないか確認します。


また給与所得者の場合は、源泉徴収票の情報を入力済みですのでそれが反映されているかも併せてチェックしましょう。


医療費控除に加えて年末調整の対象外となる寄附金控除(ふるさと納税)を申請する方は、同画面にある「ふるさと納税などの寄附をした方」の欄も記入します。

計算結果を確認し、還付金の受取方法を選択する

次に計算結果のページに進みます。もし確定申告により還付金が発生していれば、計算結果に「還付される金額」と表示されます。その後スクロールして「次へ」をタップし、還付金の受取方法を選択します。


次のページでは「財産債務調書、住民税等に関する事項」について確認・記入します。該当する項目にチェックを入れ、案内に従って進めていきましょう。もし該当項目がなければ、「次へ」をタップして次に進みます。

基本情報を確認し、必要事項を入力する

次のページでは納税者本人の氏名・電話番号・住所などの基本情報がすでに反映されているので、正確かどうか確認します。確認が終わったら、「次へ」をタップし、マイナンバーを入力します。

申告書の内容を最終確認し、送信する

税務署に送信する申告書の内容を「申告書等を表示する」から確認します。内容に問題がなければ、「次へ」をタップします。


その後特記事項や税理士に関する情報を入力し、「次へ」をタップします。e-Tax送信の画面に切り替わったら「送信する」をタップして、手続きは完了です。


申告書の控えは印刷や保存が可能なので、忘れずに保存してください。万が一保存を忘れても、再度e-Taxにログインすれば申告書のPDFファイルをダウンロードすることができます。


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11.まとめ

医療費控除の申告についての解説は以上です。医療費控除は1月から12月分をまとめて申告しますが、申告可能な期間は最長で5年です。


確定申告や修正申告を通じて医療費控除を申請する場合、e-Taxを利用して申告することもできます。


また医療費を証明する領収書などの書類は、5年間の保管が義務付けられています。確定申告ではこれらの書類を提出する必要はありませんが更正請求や還付申告の場合には、窓口または郵送で提出が求められます。


本記事が皆様にとって少しでもお役に立てますと幸いです。


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目次

1.医療費控除とは

2.医療費控除の申請期限は基本的に翌年の2月16日から3月15日まで

確定申告で医療費控除は最大5年前までさかのぼって申告可能

医療費控除を5年前までさかのぼる場合、領収書は必要?

3.医療費控除の申告はどれくらいの金額からできるか

1年間の医療費が10万円以上の場合

1年間の医療費が総所得金額の5%以上の場合(総所得金額が200万円未満の場合)

4.医療費控除は過去5年分まとめて申告できるのか

過去5年分はまとめて申告することができる

【注意】5年分の医療費を一緒に合算して申告することはできない

5.確定申告で申請できる医療費控除の対象費用

治療にかかった費用

薬の購入費

看護師などの療養にかかる費用

出産に伴う費用

介護にかかる費用

6.医療費控除申請の手続き方法

確定申告に必要な書類を用意する

確定申告書と医療費控除の明細書を記入する

書類が揃ったら税務署へ提出する

口座に入金されることを確認する

7.スマホで確定申告を行うために必要なもの

スマートフォン

マイナンバーカード

源泉徴収票

領収書や控除証明書

8.スマホで確定申告を行う方法は2種類

確定申告対応の会計ソフト

国税庁の確定申告書等作成コーナー

9.スマホで医療費控除の確定申告を行うための準備

マイナンバーカードを取得する

マイナポータルに登録し、e-Taxと連携させる

確定申告に必要な書類を揃える

10.医療費控除をマイナンバーカードを利用してスマホでさかのぼって申告するやり方

確定申告書作成コーナーで申告書の作成を開始する

作成する申告書の種類を選ぶ

提出方法などの選択

マイナポータルを連携し、医療費情報を取得する

本人情報を確認し、申告する所得を選択する

収入・所得金額を入力する

 「控除の入力」画面で医療費控除の入力と確認を行う

計算結果を確認し、還付金の受取方法を選択する

基本情報を確認し、必要事項を入力する

申告書の内容を最終確認し、送信する

11.まとめ